А в клетке опять запах...
Я бы попробовала "начать новую жизнь" по всем фронтам.

Ночью делать лужи в другой комнате вы не пускаете - отлично, она теперь терпит.
Раз терпит всю ночь, когда спит у вас, значит, может и днем потерпеть несколько часов, пока закрыта в клетке. Вымыть как следует клетку с энзимным средством, заменить подстилку в клетке - пусть просто старые тряпки какие-нибудь для начала приспособить (чтобы не покупать пока новую подстилку, чтобы не жалко было), но чистые, без запаха...
Сколько часов максимум она там? Сразу ли ее выпускают и выводят, когда кто-то домой возвращается? Все верно выше сказано - это не физическая, а психологическая проблема, надо сломать устоявшуюся привычку и выработать новую.
Может, со мной не согласятся многие, но я все же озвучу свою точку зрения. Я считаю, что в некоторых случаях собаку за лужи в доме и ругать даже нельзя - вот эти все "...пошла и писнула..." могут быть признаком стресса, а не "вредности", и ваша ругань, даже мягкая, ваше недовольство - все это стресс у собаки только усугубляет. Собака делает лужу, чтобы снять стресс, и старается делать это в отсутствии хозяина, потому что уже научена, что за это ругают, когда хозяин присутствует...

Т.е. замкнутый круг получается